Arrêts de travail : ce qui change pour les prescripteurs en 2026

Le Journal officiel du 13 juin 2026 a publié une série de trois décrets majeurs (décrets n° 2026-498, 2026-499 et 2026-501) pour l’application de l’article 81 de la loi de financement de la sécurité sociale (LFSS) pour 2026. Ces textes viennent encadrer plus strictement la prescription des arrêts de travail et le versement des indemnités journalières (IJ).

Pour les professionnels de santé de première ligne, les règles du jeu changent de manière significative. Voici le point complet sur vos nouvelles obligations réglementaires.

1. Un plafond strict sur les durées de prescription « maladie »

Référence : Décret n° 2026-498 du 12 juin 2026 [J.O. du 13] — Entrée en vigueur : 1er septembre 2026.

C’est la mesure phare qui va modifier votre pratique quotidienne face aux assurés sociaux du régime général et du régime agricole. Désormais, le Code de la sécurité sociale impose des verrous temporels infranchissables pour qu’un arrêt maladie donne lieu au versement d’indemnités journalières :

• Pour une première prescription : La durée de l’arrêt de travail ne peut pas excéder 31 jours.
• Pour une prolongation : Chaque renouvellement est désormais limité à un maximum de 62 jours.

NB : ces nouveaux plafonds réglementaires ne s’appliquent pas au territoire de Mayotte.

2. Prolongations longues : la possibilité de solliciter le contrôle médical à 3 mois

Référence : Décret n° 2026-499 du 12 juin 2026 [J.O. du 13] — Entrée en vigueur : 1er septembre 2026

Afin de mieux encadrer et d’accompagner la prise en charge des arrêts de longue durée, le législateur introduit une nouvelle passerelle avec les services de l’Assurance maladie.

En tant que prescripteur, vous avez désormais la faculté de solliciter officiellement l’avis du service du contrôle médical dès lors que la durée de renouvellement d’un arrêt de travail atteint 3 mois. Cette mesure s’applique aussi bien pour les assurés du régime général (Code de la sécurité sociale) que pour les non-salariés agricoles (Code rural et de la pêche maritime).

3. Sages-femmes : simplification majeure pour l’IVG médicamenteuse

Référence : Décret n° 2026-499 du 12 juin 2026 [J.O. du 13] — Entrée en vigueur : 1er septembre 2026

Le décret du 12 juin 2026 apporte une bouffée d’oxygène à la pratique des sages-femmes en levant une contrainte administrative historique.

• Ce qui change : La durée maximale de l’arrêt de travail qu’une sage-femme peut prescrire dans le cadre d’une interruption volontaire de grossesse (IVG) par voie médicamenteuse est totalement supprimée.

• Pour rappel : Le texte efface l’ancienne disposition du Code de la sécurité sociale qui limitait cet arrêt à quatre jours calendaires renouvelables une fois.

4. À garder en ligne de mire : le nouveau verrou à 4 ans pour les arrêts AT-MP

Référence : Décret n° 2026-501 du 12 juin 2026 [J.O. du 13] — Entrée en vigueur : 1er janvier 2027

Si ce troisième décret n’entre en vigueur qu’au début de l’année prochaine, il redéfinit en profondeur le suivi des victimes d’accidents du travail ou de maladies professionnelles (AT-MP). Le texte instaure un plafond maximal de versement des indemnités journalières :

Risques Professionnels (AT-MP)	Nouvelle règle applicable
Durée maximale de versement	Les IJ ne pourront plus être servies pendant plus de 4 ans maximum pour un même sinistre.
Conditions de reprise	En cas d’interruption suivie d’une rechute ou d’un nouvel arrêt, le compteur de 4 ans ne peut être réinitialisé que si l’assuré a repris son activité pendant au moins 1 an (sur attestation sur l’honneur).

Ce texte concerne une large population d’assurés, allant du régime général aux salariés et non-salariés agricoles, en passant par les agents des régimes spéciaux (SNCF, RATP, IEG, Mines).

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