Fonction publique : ce qui change pour les congés de santé (2026)

Le décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 réforme les règles relatives aux arrêts de travail et au temps partiel thérapeutique pour l’ensemble des agents publics civils et militaires (État, territoriale, hospitalière, ouvriers de l’État et contractuels).

Cette réforme vise à aligner certaines pratiques de la fonction publique sur celles du secteur privé tout en simplifiant les démarches administratives.

1. Alignement sur le secteur privé et renforcement des contrôles

Le texte transpose plusieurs mécanismes déjà appliqués aux salariés du régime général :

• Certificat d’arrêt de travail sécurisé : généralisation de l’usage des formulaires sécurisés pour lutter contre la fraude.

• Encadrement des arrêts : plafonnement de la durée de certains arrêts, précision des obligations de l’agent pendant son congé et clarification des modalités de contrôle.

• Télécontrôle : mise en place de dispositifs de contrôle à distance (applicable dès le lendemain de la publication).

2. Assouplissement du Temps Partiel Thérapeutique (TPT)

Les règles d’accès et de renouvellement du temps partiel pour raison thérapeutique sont modernisées au 1ᵉʳ août 2026 :

• Procédure d’octroi : tout refus de l’administration doit obligatoirement être motivé et précédé d’un entretien avec l’agent.

• Délai de mise en œuvre : l’autorisation prend effet dans un délai maximal de 30 jours, sauf en cas de reprise directe après un congé pour raison de santé lourde (CLM, CLD, CITIS) où l’effet peut être immédiat.

• Durée et renouvellement : l’agent peut bénéficier d’une ou plusieurs périodes de TPT sur présentation d’un certificat médical, dans la limite d’un an maximum.

• Allègement des contrôles : suppression de la visite systématique chez le médecin agréé pour prolonger le TPT au-delà de trois mois. L’administration conserve toutefois la faculté de solliciter une expertise médicale à tout moment.

3. Dispositions financières et simplifications administratives

• Subrogation et rémunération : extension de la subrogation pour le versement des indemnités et clarification du maintien de traitement durant le congé de longue maladie (CLM).

• Conseil médical : fin de la saisine du conseil médical supérieur lorsque l’avis du conseil médical local concorde avec celui du médecin agréé.

NB : le détail des changements selon votre statut (militaire, fonctionnaire de l’Etat, fonctionnaire territorial, agent hospitalier, agent contractuel, ouvrier de l’Etat) figure dans les annexes ci-dessous.

Calendrier d’entrée en vigueur

Date d’effet	Dispositions concernées
31 juillet 2026	Mesures relatives au télécontrôle
1ᵉʳ août 2026	Réforme de la procédure du temps partiel thérapeutique (TPT)
1ᵉʳ septembre 2026	Mesures générales sur les arrêts, la subrogation et le CLM
1ᵉʳ janvier 2028	Nouvelles modalités relatives à la visite de reprise

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Référence : Décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 [J.O. du 31].

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Annexe 1 : Focus sur les dispositions spécifiques aux militaires

L’article 1ᵉʳ du décret modifie le Code de la défense (articles R. 4122-31 et R. 4138-3) afin d’adapter ces nouvelles règles au statut des militaires :

• Suspension des activités accessoires lucratives : l’octroi d’un congé de maladie suspend automatiquement toute autorisation d’exercer une activité lucrative à titre accessoire pour toute la durée de l’arrêt.

• Déploiement du télécontrôle médical : le contrôle médical exercé par un praticien des armées peut désormais s’effectuer à distance via des technologies de l’information et de la communication (télémédecine).

• Mise en place de contrôles administratifs : le commandant de la formation administrative (ou autorité équivalente) peut faire procéder à des contrôles administratifs par du personnel habilité. Ces contrôles visent à vérifier la présence du militaire à son domicile ou sur le lieu fixé pendant les horaires prescrits.

• Sanction en cas de non-respect : en cas de refus de contrôle ou d’absence injustifiée lors d’un contrôle administratif, le versement de la rémunération du militaire est immédiatement interrompu jusqu’à la fin de son congé.

Annexe 2 : Focus sur les dispositions relatives aux fonctionnaires de l’État

L’article 2 modifie le décret n° 86-442 du 14 mars 1986 pour les fonctionnaires de l’État :

• Formalisme et téléprocédures des arrêts de travail : les avis d’arrêt maladie (initial ou prolongation), de CLM, CLD et CITIS sont désormais soumis aux règles et durées fixées par le Code de la Sécurité sociale. L’envoi dématérialisé de l’avis d’arrêt de travail est formellement autorisé.
  • Refonte de la procédure de Temps Partiel Thérapeutique (TPT) :
  • Délais de décision : l’administration doit statuer au plus tard le jour de la reprise si la demande fait suite à un CLM, CLD, CITIS ou une disponibilité pour raison de santé (30 jours max. dans les autres cas).
  • Obligation de motivation et d’entretien : tout refus ou interruption d’un TPT doit être motivé. Si la décision s’appuie sur les nécessités de service, elle est précédée d’un entretien avec l’agent.
  • Protection de l’agent : en cas de contestation devant le conseil médical, l’autorisation de TPT est prolongée automatiquement jusqu’à la décision.
  • Suppression du contrôle systématique : l’obligation d’un contrôle par un médecin agréé pour prolonger le TPT au-delà de 3 mois est abrogée.

• Contrôle administratif et interdiction du travail rémunéré :
  • Présence à domicile : l’administration peut mandater toute personne habilitée pour vérifier la présence du fonctionnaire. Tout refus ou absence injustifiée entraîne l’interruption immédiate de la rémunération.
  • Activités lucratives : l’interdiction d’exercice d’une activité rémunérée s’applique formellement au congé de maladie ordinaire.

• Accompagnement, formation et examen à distance :
  • Dès 30 jours d’arrêt : le médecin agréé peut contacter le médecin du travail pour préparer la reprise.
  • Formations pendant l’arrêt : possibilité de suivre une formation ou un bilan de compétences en vue d’une reconversion.
  • Téléconsultation : les examens par les médecins agréés peuvent se faire à distance.

• Simplification des instances médicales : fin des saisines du Conseil médical restreint pour le renouvellement du CLM/CLD après épuisement des droits à plein traitement.

Annexe 3 : Focus sur les dispositions relatives aux fonctionnaires territoriaux

L’article 3 modifie le décret n° 87-602 du 30 juillet 1987 applicable aux agents de la fonction publique territoriale (FPT) :

• Allègement des saisines du Conseil médical départemental : suppression de l’obligation de consulter le conseil médical en formation restreinte pour le renouvellement d’un CLM ou CLD après épuisement des droits à plein traitement.

• Modernisation du Temps Partiel Thérapeutique (TPT) :
  • Délais : décision de l’autorité territoriale au plus tard le jour de la reprise après un CLM, CLD, CITIS ou disponibilité pour raison de santé (30 jours maximum dans les autres cas).
  • Garanties procédurales : refus ou interruption obligatoirement motivé ; entretien préalable si motif de service ; avis médical préalable si motif médical.
  • Prolongation de droit : le TPT est maintenu jusqu’à décision du conseil médical en cas de saisine.
    • Simplification : abrogation de l’examen médical obligatoire au-delà de trois mois de TPT.

• Encadrement des arrêts de travail et contrôles :
  • Sécurité sociale : alignement de l’établissement et de la prolongation des arrêts sur les exigences du Code de la Sécurité sociale (dématérialisation autorisée).
  • Contrôles administratifs à domicile : contrôle de présence par un agent habilité ; refus ou absence = interruption de rémunération.
  • Non-cumul d’activités : interdiction d’activité rémunérée étendue au congé de maladie ordinaire.

• Parcours de reconversion et télémédecine :
  • Prévention : échanges médecin agréé/médecin du travail dès 30 jours d’arrêt.
  • Bilan et formation : accès aux formations/bilans de compétences pendant l’arrêt.
  • Télémédecine : autorisation de la téléconsultation pour les contrôles médicaux.

Annexe 4 : Focus sur les dispositions relatives aux agents hospitaliers (Article 4)

L’article 4 modifie le décret n° 88-386 du 19 avril 1988 applicable aux agents de la fonction publique hospitalière (FPH) :

• Allègement des instances médicales : suppression de l’avis obligatoire du conseil médical restreint pour le renouvellement d’un CLM ou CLD après épuisement des droits à plein traitement.

• Procédures du Temps Partiel Thérapeutique (TPT) :
  • Délais d’octroi : décision au plus tard le jour de la reprise à la suite d’un CLM, CLD, CITIS ou disponibilité (30 jours maximum sinon).
  • Motifs et garanties : décision motivée avec entretien préalable (motif de service) ou avis du médecin agréé (motif médical).
  • Recours : prolongation de droit du TPT durant l’instruction devant le conseil médical.
  • Simplification : abrogation de l’expertise médicale systématique au-delà de trois mois de TPT.

• Contrôle et obligations d’arrêt de travail :
  • Formulaires : transmission et arrêt alignés sur les règles de la Sécurité sociale (dématérialisation autorisée).
  • Contrôle administratif : vérification de la présence au domicile ; suspension du traitement en cas de refus ou d’absence injustifiée.
  • Sanction pour refus de contrôle médical : suspension de rémunération en cas de refus de se soumettre aux contrôles en maladie ordinaire (art. 33).
  • Activités lucratives : interdiction étendue explicitement au congé de maladie ordinaire.

• Insertion professionnelle et télémédecine :
  • Formations/bilans : possibilité d’effectuer une reconversion professionnelle durant un arrêt de santé.
  • Examens à distance : téléconsultations autorisées pour les expertises et contrôles par les médecins agréés.

Annexe 5 : Focus sur les dispositions relatives aux agents contractuels (Articles 5, 6 et 7)

Les articles 5 (État), 6 (Territoriale) et 7 (Hospitalière) harmonisent les règles applicables aux agents contractuels des trois versants avec celles fixées pour les fonctionnaires titulaires :

• Alignement du formalisme des arrêts de travail : l’établissement et la transmission des avis d’arrêt de travail (maladie, grave maladie, AT/MP) sont directement soumis aux règles du Code de la Sécurité sociale (dématérialisation autorisée).

• Assouplissement et clarification du Temps Partiel Thérapeutique (TPT) :
  • Déconnexion de l’accord CPAM : l’octroi du TPT pour les contractuels de l’État et de la FPH n’est plus subordonné à l’accord préalable d’indemnisation de la CPAM.
  • Procédures unifiées : renvoi direct vers les règles applicables aux fonctionnaires titulaires (délais d’octroi, motivation des refus, entretien préalable et maintien en cas de recours).
  • Subrogation : extension de la subrogation aux indemnités journalières de TPT pour les agents de l’État.

• Congé de Grave Maladie (CGM) : octroi et renouvellement calqués sur les modalités souples des fonctionnaires titulaires (avis médical jusqu’à 6 mois, sans saisine systématique du conseil médical).

• Contrôles administratifs, sanctions et interdictions :
  • Contrôle médical obligatoire : obligation de se soumettre aux examens sous peine d’interruption immédiate de la rémunération.
  • Contrôle administratif : extension des contrôles de présence à domicile avec suspension du traitement en cas d’absence/refus.
  • Non-cumul : interdiction d’activité rémunérée étendue au congé de maladie ordinaire.

• Reconversion et télémédecine : accès aux échanges préventifs dès 30 jours d’arrêt, bilans/formations durant l’arrêt et téléconsultations médicales.

Annexe 6 : Focus sur les dispositions relatives aux ouvriers de l’État

L’article 8 modifie le décret du 23 juillet 2025 régissant le statut des ouvriers de l’État :

• Refonte de la procédure du Temps Partiel Thérapeutique (TPT) (Art. 37) :
  • Nouveau cadre juridique : renvoi exprès aux articles L. 823-1 à L. 823-6 du Code général de la fonction publique (CGFP) et au titre II bis du décret du 14 mars 1986.
  • Adaptation aux postes à responsabilité : pour les fonctions comportant des responsabilités non partageables, l’attribution du TPT est subordonnée à la continuité de service ; à défaut, une affectation temporaire sur d’autres fonctions de la même profession matriculaire est proposée.
  • Délais d’octroi : décision au plus tard le jour de la reprise après un CLM, CLD, accident du travail/maladie professionnelle ou congé sans salaire pour santé (30 jours max. dans les autres cas).
  • Garanties et motifs : refus ou interruption obligatoirement motivé et précédé d’un entretien (si motif de service) ou de l’avis d’un médecin agréé/militaire (si motif médical).
  • Poursuite du TPT en cas de recours : la saisine de la commission médicale des personnels ouvriers proroge l’autorisation de TPT jusqu’à l’émission de l’avis (Art. 12).

• Contrôles administratifs et sanctions financières (Art. 26-1 & 27) :
  • Contrôle de présence à domicile : l’administration peut mandater toute personne habilitée pour vérifier la présence de l’ouvrier à domicile ou sur son lieu de repos pendant les heures obligatoires.
  • Sanctions en cas de non-respect : une absence injustifiée ou un refus de contrôle entraîne l’interruption immédiate du versement du salaire jusqu’à la fin de l’arrêt (le temps suspendu restant décompté du congé).
  • Interdiction de cumul : l’interdiction d’exercer une activité rémunérée non autorisée est explicitement étendue aux simples congés de maladie ordinaire (Art. 27).

• Alignement du formalisme des arrêts de travail (Art. 16 & 25) :
  • Règles Sécurité sociale : les avis d’arrêt (initial et prolongation) pour maladie, CLM ou CLD doivent être établis et transmis conformément aux durées et dispositions du Code de la Sécurité sociale (possibilité de dématérialisation).

• Reconversion professionnelle, accompagnement et télémédecine (Art. 30-1, 30-2 & 32-1) :
  • Prévention dès 30 jours d’arrêt : le médecin agréé ou militaire peut échanger avec le médecin du travail (en lien avec le médecin traitant) pour préparer la reprise ou envisager des formations, avec assistance possible de l’ouvrier par une personne de son choix.
  • Bilan de compétences et formation : possibilité pour l’ouvrier en congé de maladie, CLM, CLD ou accident du travail (Art. 38) de suivre une formation ou un bilan après avis favorable du médecin agréé/militaire (réponse de l’employeur sous 30 jours).
  • Télémédecine : autorisation d’effectuer les examens médicaux de contrôle à distance par téléconsultation.

• Garantie financière en cas de saisine de la commission médicale (Art. 17) :
  • En cas d’expiration des droits à maladie ordinaire avec demande de CLM/CLD, le versement de l’indemnité provisoire de reprise est maintenu jusqu’à la décision finale de placement ou de reprise.

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