Fonction publique : ce qui change pour les congés de santé (2026)

Le décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 réforme les règles relatives aux arrêts de travail et au temps partiel thérapeutique pour l’ensemble des agents publics civils et militaires (État, territoriale, hospitalière, ouvriers de l’État et contractuels).

Cette réforme vise à aligner certaines pratiques de la fonction publique sur celles du secteur privé tout en simplifiant les démarches administratives.

1. Alignement sur le secteur privé et renforcement des contrôles

Le texte transpose plusieurs mécanismes déjà appliqués aux salariés du régime général :

• Certificat d’arrêt de travail sécurisé : généralisation de l’usage des formulaires sécurisés pour lutter contre la fraude.

• Encadrement des arrêts : plafonnement de la durée de certains arrêts, précision des obligations de l’agent pendant son congé et clarification des modalités de contrôle.

• Télécontrôle : mise en place de dispositifs de contrôle à distance (applicable dès le lendemain de la publication).

2. Assouplissement du Temps Partiel Thérapeutique (TPT)

Les règles d’accès et de renouvellement du temps partiel pour raison thérapeutique sont modernisées au 1ᵉʳ août 2026 :

• Procédure d’octroi : tout refus de l’administration doit obligatoirement être motivé et précédé d’un entretien avec l’agent.

• Délai de mise en œuvre : l’autorisation prend effet dans un délai maximal de 30 jours, sauf en cas de reprise directe après un congé pour raison de santé lourde (CLM, CLD, CITIS) où l’effet peut être immédiat.

• Durée et renouvellement : l’agent peut bénéficier d’une ou plusieurs périodes de TPT sur présentation d’un certificat médical, dans la limite d’un an maximum.

• Allègement des contrôles : suppression de la visite systématique chez le médecin agréé pour prolonger le TPT au-delà de trois mois. L’administration conserve toutefois la faculté de solliciter une expertise médicale à tout moment.

3. Dispositions financières et simplifications administratives

• Subrogation et rémunération : extension de la subrogation pour le versement des indemnités et clarification du maintien de traitement durant le congé de longue maladie (CLM).

• Conseil médical : fin de la saisine du conseil médical supérieur lorsque l’avis du conseil médical local concorde avec celui du médecin agréé.

Calendrier d’entrée en vigueur

Date d’effet	Dispositions concernées
31 juillet 2026	Mesures relatives au télécontrôle
1ᵉʳ août 2026	Réforme de la procédure du temps partiel thérapeutique (TPT)
1ᵉʳ septembre 2026	Mesures générales sur les arrêts, la subrogation et le CLM
1ᵉʳ janvier 2028	Nouvelles modalités relatives à la visite de reprise

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Référence : Décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 [J.O. du 31].

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